De CBOB is een vereniging van zelfstandige binnenvaartondernemers waarvan de Algemene Ledenvergadering het hoogste orgaan is.
De leden kiezen en benoemen tijdens de Algemene Ledenvergadering vanuit de varende leden het hoofdbestuur, dat daardoor vanzelfsprekend hoofdzakelijk uit varende ondernemers bestaat.

De CBOB heeft een externe voorzitter, meestal afkomstig uit het politiek bestuurlijke circuit. Deze wordt door de ledenvergadering als buitengewoon lid en voorzitter in het bestuur benoemd.

Momenteel is de heer ing. Eddy Bilder voorzitter van de CBOB.
Hij is benoemd op de ledenvergadering van 31 maart 2008, die werd gehouden in het Delta Hotel te Vlaardingen. Bilder is sinds januari 2011 burgemeester van Zwartewaterland.

Een ander buitengewoon bestuurslid is de schipperspredikant, waardoor een sterke band bestaat tussen de CBOB en het schipperspastoraat.

Bestuursvergaderingen en -beleid worden voorbereid door het dagelijks bestuur, dat ook verantwoordelijk is voor de gang van zaken op het secretariaat. De secretaris van de CBOB is tevens bestuurlijk secretaris.

Elk voorjaar legt het bestuur aan de Algemene Ledenvergadering verantwoording af over het gevoerde beleid. Dan worden tegelijkertijd begroting en beleid voor het komende jaar vastgesteld.